De daling van Pisa begon in de tweede helft van de dertiende eeuw, met het einde van de Schwäbische dynastie: de stad, solide Ghibellijnse traditie en heeft altijd de kant van het Rijk, met de dood van Frederik II verloor zijn beste bondgenoot.
Het zal zijn om een beslissende slag toebrengen, het vernietigen van zijn vloot in de slag bij Meloria (1284).
Pisa dus verloor haar commerciële suprematie en de bijbehorende domeinen, zag ook de escalatie interne facties strijd, gekenmerkt door staatsgrepen en felle represailles: een van de emblematische figuren van deze periode was de graaf Ugolino della Gherardesca, de protagonist van een van de meest tragische songs van Dante’s Inferno.
De politieke instabiliteit gaf de stad de eerste regel van de Visconti en dan vanaf 1406, na een lange belegering, in Florence.